師範學院

一、教育部核定「國立嘉義大學組織規程」，設置教育學院。(2000.08)

二、「教育學院」更名為「師範學院」。(2004.02)

教育學系暨研究所

一、教育學系招生，中教師資、小教師資各一班。(2000.08)

二、中教組師資生停招，僅招收一般小教師資生。(2006.08)

三、教育學系與國民教育研究所正式合併，學制分別為教育學系大學部、碩士班、碩專班與博士班。(2010.08)

輔導與諮商學系暨研究所

一、輔導學系招生。(2000.08)

二、「家庭教育與諮商研究所」及「輔導與諮商學系」整合，定名為「輔導與諮商學系」，學制分別為大學部、碩士班、進修學士班、碩士在職專班。(2010.08)

體育與健康休閒學系暨研究所

一、體育學系招生。 (2000.08)

特殊教育學系暨研究所

特殊教育學系、特殊教育研究所招生。(2000.08)

幼兒教育學系暨研究所

一、幼兒教育學系、幼兒教育研究所招生。(2000.08)

二、幼兒教育學系碩士在職專班招生。(2004.08)。

教育行政與政策發展研究所

教育行政與政策發展研究所招生。(2001.08)

數理教育研究所

一、數學教育研究所與科學教育研究所碩士班招生。(2000.08)

二、數學教育研究所與科學教育研究所整併為數理教育研究所，分為數學教育組與科學教育組。(2010.08)

數位學習設計與管理學系暨研究所

一、教育科技研究所招生。(2000.08)

二、數位學習設計與管理學系招生。(2006.08)

三、數位學習設計與管理學系研究所招生 (2008.08)

人文藝術學院

教育部核定「國立嘉義大學組織規程」，設置人文藝術學院。(2000.08)

中國文學系暨研究所

一、中國文學系招生。(2000.08)

二、中國文學系研究所碩士班招生。(2001.08)

三、中國文學系碩士在職專班招生。(2002.08)

四、中國文學系進修學士班招生。(2013.08)

視覺藝術系暨研究所

一、美術學系招生。(2000.08)

二、視覺藝術研究所招生。(2000.08)

三、美術學系更名為視覺藝術系。(2010.08)

應用歷史學系暨研究所

一、史地學系招生。(2000.08)

二、史地學系碩士班招生(2002.08)

三、史地學系碩士在職專班招生。(2005.08)

四、更名為應用歷史學系(2013.08)

外國語言學系暨研究所

一、外國語言學系「應用外語組」與「英語教學組」招生。(2000.08)

二、外國語言學系暨研究所碩士班招生，分設「應用語言學組」及「英語教學組」。(2004.08)

三、外國語言學系進修學士班招生。(2013.08)

音樂學系暨研究所

一、音樂系招生。(2000.08)

二、音樂與表演藝術研究所招生。(2006.08)

三、音樂系所合一，更名為音樂系「學士班」與「碩士班」。(2010.08)

管理學院

教育部核定「國立嘉義大學組織規程」，設置管理學院。(2000.08)

企業管理學系

一、企業管理學系招生。(2000.08)

二、管理研究所碩士班招生。(2000.08)

三、管理研究所碩士在職專班招生。(2001.08)

四、管理研究所博士班招生。(2003.08)

五、行銷與運籌學系運籌組併入企業管理學系。(2014.08)

應用經濟學系暨研究所

一、應用經濟學系招生。(2000.08)

二、應用經濟學系碩士班招生。(2006.08)

生物事業管理學系暨研究所

一、事業經營學系招生。(2000.08)

二、更名為生物事業管理學系。(2001.08)

資訊管理學系暨研究所

一、資訊管理系招生。(2003.08)

二、資訊管理系碩士班招生。(2004.08)

觀光休閒管理研究所

一、休閒事業管理研究所碩士班招生。(2002.08)

二、休閒事業管理研究所博士班招生。(2008.08)

三、休閒事業管理研究所更名為觀光休閒管理研究所。( 2009.08)

財務金融學系

一、財務金融學系招生。(2008.08)

行銷與觀光管理學系暨研究所

一、行銷與流通管理研究所碩士班招生。(2001.08)

二、行銷與流通管理研究所與原理工學院運輸與物流工程研究所整併更名為行銷與運籌研究所。(2010.08)

三、行銷與運籌研究所與管理學院學士學位學程整併更名為行銷與運籌學系。(2012.08)

四、觀光休閒管理研究所與行銷與運籌學系整併更名為行銷與觀光管理學系。(2015.08)

農學院

教育部核定「國立嘉義大學組織規程」，設置農學院。(2000.08)

農藝學系暨研究所

一、農藝學系招生。(2000.08)

二、農藝學系碩士班招生。(2006.08)

園藝學系暨研究所

一、園藝學系招生。(2000.08)

二、園藝學系碩士班招生。(2002.08)

森林暨自然資源學系暨研究所

一、森林學系招生。(2000.08)

二、森林學系與林產科學系合設林業研究所，招收碩士班研究生。(2000.08)

三、進修學士班招生(2004.08)。

四、農學院農學研究所增設博士班，分為林學組與農學組。(2004.08)

五、更名為森林暨自然資源學系(2005.08)

木質材料與設計學系暨研究所

一、林產科學系招生。(2000.08)

二、林產科學系碩士班招生。(2006.08)

三、林產科學暨家具工程學系更名為「木質材料與設計學系」(2012.08)

動物科學系暨研究所

一、畜產學系招生。(2000.08)

二、畜產學研究所碩士班招生。(2001.08)

二、畜產學系更名為動物科學系。(2003.08)

獸醫學系暨研究所

一、獸醫學系招生。(2000.08)

二、獸醫學系碩士班招生。(2004.08)

三、獸醫學系碩士在職專班招生。(2011.08)

四、臨床獸醫學碩士班招生。(2014.08)

生物農業科技學系

一、精緻農業學系招生。(2003.08)

二、更名為生物農業科技學系。(2005.08)

三、生物農業科技學系與農業生物技術研究所合併為生物農業科技學系（所）(2007.08)

景觀學系

一、景觀學系招生。(2006.08)

二、景觀學系碩士班招生。(2016.08)

理工學院

教育部核定「國立嘉義大學組織規程」，設置理工學院。(2000.08)

電子物理學系光電暨固態電子研究所

一、應用物理學系招生。(2000.08)

二、光電暨固態電子所招生。(2004.08)

三、「應用物理學系」、「光電暨固態電子研究所」整併，更名為「電子物理學系」。(2010.08)

四、「電子物理學系碩士班」更名為「電子物理學系光電暨固態電子碩士班」。(2012.08)

應用化學系暨研究所

一、應用化學系招生。(2000.08)

二、應用化學系研究所碩士班招生。(2003.08)

三、應用化學系博士班招生。(2007.08

應用數學系暨研究所

一、應用數學系招生。(2000.08)

二、應用數學研究所碩士班招生。(2004.08)

資訊工程學系暨研究所

一、研究所碩士班招生。(2000.08)

二、大學部學士班招生。(2002.08)

三、研究所博士班招生。(2008.08)

四、進修部學士班招生。(2010.08)

生物機電工程學系暨研究所

一、生物機電工程學系招生。(2000.08)

二、生物機電工程研究所碩士班招生。(2001.08)

土木與水資源工程學系暨研究所

一、土木與水資源工程學系招生。(2000.08)

二、土木與水資源工程研究所碩士班招生。(2002.08)

三、土木與水資源工程學系進修學士班招生。(2003.08)

四、土木與水資源工程學系碩士在職專班招生。(2003.08)

電機工程學系暨研究所

一、電機工程系招生。(2008.08)

二、電機工程系碩士班招生。 (2013.08)

機械與能源工程學系

機械與能源工程學系招生。(2010.08)

生命科學院

教育部核定「國立嘉義大學組織規程」，設置生命科學院。(2000.08)

食品科學系暨研究所

一、食品科學系招生。(2000.08)

二、食品科學研究所碩士班招生。(2000.08)

三、食品科學研究所碩士班分組為「食品科技組」及「保健食品組」。(2006.08)

四、食品科學研究所博士班招生。(2007.08)

五、食品科學暨生物藥學研究所碩士在職專班招生。(2007.08)

六、食品科學暨生物藥學研究所碩士在職專班正式更名為「食品科學研究所碩士在職專班」。(2011.08)

水生生物科學系暨研究所

一、水產生物學系招生。(2000.08)

二、水產生物學系碩士班招生。(2002.08)

生物資源學系暨研究所

一、生物資源學系(含原有植物保護系)招生。(2000.08)

二、生物資源學系碩士班招生。(2003.08)

生化科技學系暨研究所

一、生物化學系招生。(2000.08)

二、生物科技研究所招生。(2000.08)

三、系所整併更名生化科技學系(2007.08)

微生物免疫與生物藥學系暨研究所

一、生物科技研究所招生，分設分子生物組及應用微生物組。(2000.08)

二、應用微生物學系招生。(2001.08)

三、生物藥學研究所招生。(2002.08)

四、應用微生物學系、生物科技研究所整併。(2004.08)

五、應用微生物學系、生物藥學研究所整併。(2005.08)

六、應用微生物學系更名微生物與免疫學系，增設碩士班。(2006.08)

七、生物藥學研究所更名生物醫藥科學研究所。(2007.08)

八、生物醫藥科學研究所與食品科學系合辦食品科學與生物藥學研究所碩士在職專班。(2007.08)

九、微生物與免疫學系及生物醫藥科學研究所整併為系所合一，並更名為「微生物免疫與生物藥學系(含碩士班)」。(2010.08)