國科會為收集、保存與培育並提供高品質的生物資源(包括特有、稀少與重要經濟價值),開發核心領先技術與資源,建立生物資源整合機制,提供諮詢與服務平台,以提高國內學術研究能力與競爭力,因此徵求「生物資源整合與建置計畫」,本中心鑑於淡水生物資源在學術研究逐漸受到重視,因此向國科會提出「建置『淡水生物資源中心』計畫」,並通過審核,獲得補助。