嘉義大學淡水生物資中心於民國102-103年獲行政院國家科學委員會「生物資源整合計畫」補助成立 (計畫名稱：建置「淡水生物資源中心」計畫，計畫編號102-2321-B-415-002)，目的在於收集、保存、培育與提供高品質淡水生物資源，建立水生生物資源供應與整合平台，提供國內相關產官學界諮詢與資源分享服務。

鑑於國內外對於淡水水生生物的育種、原生種魚類的保育與水生模式生物，在學術研究與環境檢測領域運用及開發日趨受到重視，因此藉由淡水生物資源中心系統性的建立繁殖育種與模式生物培育，對國內學術研究與環境檢測均有禆益。