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2000年 8月「國立嘉義大學」正式由「國立嘉義師範學院」和「國立嘉義技術學院」合併成立。同時「應用物理學系」亦正式成立,並開始招收 第一屆 大學部學生。本系 舊系館為 理化館(大勇樓),並與「應用化學系」共用,各佔一半。
![理化館(大勇樓)](https://ncyuweb.ncyu.edu.tw/files/site_content/phys/dapbuilding1.jpg)
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2003年 8月 本系直屬之「光電暨固態電子所」正式成立,並開始招收 第一屆 碩士班研究生。
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2003年底 本系所 新系館 開始興建於 理化館(大勇樓)後方 舊停車場。
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2005年初 新系館 落成啟用,並命名為「應物二館」。
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2013年 3月 研究教學系館名稱正式更新為「電物二館」。
![應物二館](https://ncyuweb.ncyu.edu.tw/files/site_content/phys/dap2-building-3.jpg)
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2007年 8月 本校生命科學院(大智樓)搬移至 新建完成之「綜合教學大樓」。本系所 位於理化館(大勇樓)之辦公室、實驗室、研究室 隨即亦於 2007年 9月 全部搬遷至 大智樓,並命名為「應物一館」。
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2011年7~10月 由校方委託楊金生結構技師事務所進行應物一館(大智樓)耐震(翼牆)結構補強整修工程完成。
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2013年 3月 行政教學系館名稱正式更新為「電物一館」。
![應物一館](https://ncyuweb.ncyu.edu.tw/files/site_content/phys/dap1-building-3.jpg)
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「應用物理學系」、「光電暨固態電子研究所」經教育部核定(2009年 9月 24日來函)於 2010年 8月 1日 進行系所整併,並更名為「電子物理學系」(含學士班、碩士班)。
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依 (100.09.30 教育部函) 核復101學年度(2012年)增設、調整院、系、所、學位學程及招生名額總量,核准原「電子物理學系碩士班」更名為「電子物理學系光電暨固態電子碩士班」。