國科會為收集、保存與培育並提供高品質的生物資源(包括特有、稀少與重要經濟價值)，開發核心領先技術與資源，建立生物資源整合機制，提供諮詢與服務平台，以提高國內學術研究能力與競爭力，因此徵求「生物資源整合與建置計畫」，本中心鑑於淡水生物資源在學術研究逐漸受到重視，因此向國科會提出「建置『淡水生物資源中心』計畫」，並通過審核，獲得補助。