本校第二校徽視覺識別系統(VIS)設計徵選係綜合網站管理系統意見信箱反映後辦理，自98年9月10日至98年11月30日徵件期間，投稿件數總計102件，經98年12月10日召開評審小組初審會議，選出10件及校內主管評選出10件，併入初審入圍作品，二次會議審查入圍作品共18件(2件相同)，並將入選作品於99年1月25日至2月12日在本校網站首頁供全校(含校友)網路票選，總投票數1,630票。99年2月26日複審會議通過複審作品共7件，經校長核定第1名、第2名及佳作2名，並於4月13日行政會議中頒發獎項。第1名可獲得獎金新台幣6萬元及獎牌乙面，第2名獎金新台幣2萬元及獎牌乙面，佳作2名，每名獎金新台幣8仟元及獎狀乙紙。

　　第1名作品名稱「玉山磐石，嘉南學府，永續發展，名揚國際」，作者為本校林產系李安勝助理教授，設計理念及涵義如下：

校徽之設計理念
　　本校徽設計主要創作理念為表達國立嘉義大學的前身，係由兩所具有優良傳統的國立嘉義師範學院與國立嘉義技術學院整合而成的一所優良大學。

　　特別融入世界知名的玉山圖騰，不僅意謂著玉山做為嘉義大學最為堅強的倚靠，更象徵嘉大的卓越校風與崇高理想與旭日東昇的光芒相輝映，代表著嘉大實現「光耀嘉義，揚名全國，躋身國際」成為世界知名大學的崇高目標。

　　蜿蜒的河流孕育著富饒的嘉南平原，象徵著嘉義大學的歷史源遠流長，永續且穩健的發展，培育無數優秀的青年學子，貢獻國家社會，更有啟示嘉大人飲水思源之深刻意涵。

設計創作元素之涵義說明
1.「太陽光芒」代表旭日東昇。
2.「山脈」代表玉山。
3.「蜿蜒河流」代表發源自玉山山脈的陳有蘭溪、濁水溪、曾文溪及八掌溪等溪流。
4.「綠色草原」代表嘉南平原。
5.「古鐘」代表嘉義大學，其真正意涵是「夙興夜寐、無忝所生」、「有始有終」的積極象徵，更有警世的教育哲理。
6.中文字體採國立嘉義大學創立時使用的魏碑體。
7.「花」的圖騰係採用校花阿勃勒的形態。